Prince of Persia The Two Thrones 《波斯王子3》的故事发生在前作之后，讲述波斯王子与爱人Kaileena从时之岛回到了巴比伦。岂料巴比伦如今正发生战争，而波斯王子则被视为敌人。由于波斯王子被逮捕，Kaileena无奈之下只有再度使用时之沙，希望救回王子、虽然王子获救，却也因此成为逃犯，被全国通缉。更加糟糕的时，王子发现过去的战斗令他的体内产生了黑暗版的波斯王子。邪恶的灵魂正将他逐步侵食……
